Последние посты
Вениамин Фишман
22 сент., 06:51
Вениамин Фишман
14 сент., 08:28
Новая языковая модель ДНК GPN-Star - построенная на информации о выравниваниях геномов - вышла в Nature.https://www.nature.com/articles/s41586-026-11005-5На некоторых задачах выдает результаты лучше, чем aGenome - в том числе для интерпретации некодирующих вариантов у пациентов с наследственными заболеваниями.Конкретно на картинке с барплотом - классификатор OMIM pathogenic versus gnomAD v.3 common non-coding variants
Вениамин Фишман
11 сент., 17:53
Загадка от коллег из лабы. Что произошло с этой чашкой? Вводные: обычная трансформация компетентных клеток E. coli, прошло 48 часов после высеивания на чашку.Вениамин Фишман
11 сент., 16:26
Загадка от коллег из лабы. Что произошло с этой чашкой?Вводные: обычная трансформация компетентных клеток E. coli, прошло 48 часов после высеивания на чашку.
Вениамин Фишман
9 сент., 14:19
Дорогие коллеги!Команда IBIS (https://ibis.autosome.org) запускает соревнование EPIC (Eukaryotic Promoter and transcription Initiation prediction Challenge): по последовательности ДНК предсказать, где и с какой силой РНК-полимераза II начинает транскрипцию — с точностью до нуклеотида и цепи — у пяти немодельных животных: устрицы, осьминога, амбарной огнёвки, молочайного клопа и катрана. Данные — неопубликованные csRNA-seq из лаборатории Саши Дуттке, тестовые хромосомы закрыты до объявления победителей.Разрешены только геном и наши треки, плюс предобученные геномные модели (AlphaGenome, Evo2 и др.).Две задачи: есть ли инициация (AUPRC) и её сила (Spearman); медали по каждому виду и в общем зачёте. Все, кто обошёл бейзлайн, входят в консорциум EPIC — коллективного соавтора итоговой статьи; медалисты — соавторы лично.Для разминки открыт датасет по Nematostella и скрипты
Вениамин Фишман
9 сент., 14:18
С удовольствием распространяю объявление о новом геномном конкурсе от коллег. Опыт проведения таких соревнований у них большой, так что не сомневаюсь, что будет интересно!Вениамин Фишман
8 сент., 15:09изменён
Внимание медгенетикам - альфагеном выложил скоры для 9 миллиардов геномных вариантов. Доступ по APIhttps://deepmind.google.com/science/alphagenome/atlasAlphaGenome Atlas is an integrated data resource that predicts the functional impact of all 9 billion possible single nucleotide variants (SNVs) across the human genome. By unifying coding and non-coding predictive models, it streamlines the prioritisation and interpretation of variants.Unified Variant impact scoring: Combines coding and non-coding predictions into a single, standardized AlphaGenome Variant Impact (AVI) score. Genome-wide scale: Access precomputed variant effect predictions spanning the entire human genome. Zero-code exploration: Spot-check individual variants and dive into granular genomic context directly in your browser. Seamless agentic integration: Connect effortlessly with AI agent workflows to scale analysesGoogleAlphaGenomeAlphaGenome – Access Google DeepMind’s unifying genomics model for deciphering DNA function.Вениамин Фишман
3 сент., 08:26
И ещё о человеке-паукекомареhttps://www.mk.ru/science/2026/09/02/v-sibiri-soedinili-na-geneticheskom-urovne-cheloveka-i-komara.htmlВениамин Фишман
2 сент., 20:59изменён
Завтра я докладываю статью на нашем лабораторном journal club. Пока искал что рассказать - нашел свежую статью из Nature. Ребята культивировали органоид человеческого мозга в чашке 5 лет (!).У меня один вопрос - как они описывали бы заявку в РНФ?
Вениамин Фишман
2 сент., 04:39
В России соединили ДНК человека и комара: что это дало генетикам https://science.mail.ru/news/55893-dnk-cheloveka-i-komara/Наука MailРоссийские генетики смогли соединить ДНК человека и комараКлетка человека умеет отличать свою ДНК от чужой — и обычно подавляет ее. Ученые нашли способ обойти эту защиту и включить чужеродные гены. Эксперимент с ДНК комара помогает понять общие принципы работы генома.Вениамин Фишман
2 сент., 04:39изменён
Одна из самых интересных - и необычных - работ нашей группой, под кодовым названием "человек-паук".Действительно, а что будет если целый геном далёкого от человека вида окажется внутри наших клеток? Казалось бы, ужас из самых страшных кошмаров антиГМОшников. Однако спешим успокоить - не говоря уже о том, что в норме клетки прекрасно защищены от проникновения длинных молекул ДНК снаружи, даже если такое произойдёт, весь приобретённый генетический материал клетка упакует в плотный неактивный компартмент.Как клетки опознают чужую ДНК и понимают, что с нее не нужно считывать гены? Сможем ли мы когда-нибудь "пересаживать" большие фрагменты геномов от одного вида к другому (как, например, делает вот эта группа, которая пытается пересадкой генома хлоропластов "научить" клетки животных фотосинтезу)?В общем, наука тогда бывает очень занимательной!Вениамин Фишман
28 авг., 15:04
переслано из @airi_research_institute
«Лето с AIRI 2026» не заканчивается! Делимся лекциями и семинарами ⏯Мы записали всё, о чём на протяжении двух недель говорили исследователи и эксперты на летней школе. Собрали целый багаж знаний — 76 видео! — из разных областей ИИ и делимся им с вами, чтобы все могли послушать и узнать для себя что-то новое и интересное.📎Сохраняйте ссылки на плейлисты: VK Видео, YouTube — и пересылайте их тем, кому тоже может быть полезно)
Вениамин Фишман
28 авг., 15:04
Меня спрашивают часто, что можно почитать/посмотреть для тех, кто хочет побольше узнать про ML. Рекомендую лекции коллег!Вениамин Фишман
24 авг., 14:54изменён
Вот уже несколько лет коллеги-медицинские генетики из центра имени Д.О. Отта в Санкт-Петербурге проводят конференцию с совершенно волшебным - под стать настроению места проведения - названием "Поэзия генома".С большим удовольствием распространяю информацию об этом мероприятии.
Вениамин Фишман
14 авг., 09:24
Возвращаюсь с конференции в Москве в Сириус. С собой везу образцы на сухом льду. Мало того, что рейс задержали на 10 часов (а после досмотра лед уже не досыпать), так ещё и посадили на два часа в Грозном. Как хорошо, что там есть оборудование для временного хранения экспериментальных образцов!
Вениамин Фишман
12 авг., 06:48изменён
За последние несколько дней у моих коллег вышло несколько совершенно выдающихся статей, о которых хочется рассказать.1. The Codebook Consortium, в котором одну из важнейших ролей играет группа Ивана Кулаковского, опубликовала в Nature огромный экспериментальный набор данных о связывании 332 ранее не охарактеризованных транскрипционных факторах с хроматином человекаhttps://www.nature.com/articles/s41586-026-10798-9Это важнейшая работа, которая существенно расширяет наше представление о том, как регулируются гены, какие мутации могут приводить к болезням и как происходила эволюция факторов транскрипции.Почитайте твитториал авторов (он был написан когда вышел препринт, но основные тезисы статьи там отражены: https://x.com/ArttuJolma/status/1857497666357199171).2. Леша Комиссаров и его коллеги из Сколтеха, в составе большой международной научной группы, опубликовали в Cell геномNatureAn expanded codebook of human transcription factor DNA-binding specificityNature - Results from a panel of assays that analyse different aspects of DNA sequence specificity reveal more than 100 new motifs to aid the characterization of putative human transcription factors.Вениамин Фишман
8 авг., 09:10изменён
Пока скептики дискутируют о том, могут ли языковые модели ДНК быть полезны, те, кто собственно работает над их применением, публикуются в Science и создают новые лекарственные препараты: https://www.science.org/doi/10.1126/science.aec2657Вениамин Фишман
7 авг., 09:02изменён
Пока скептики дискутируют о том, могут ли языковые модели ДНК быть полезны, те, кто собственно работает над их применением, публикуются в Science и создают новые лекарственные препараты:https://www.science.org/doi/10.1126/science.aec2657ScienceGenerative design of bacteriophages with genome language modelsMany important biological functions arise not from single genes but from complex interactions encoded by entire genomes. We report the first generative design of complete bacteriophage genomes using genome language models. We generated viable ...Вениамин Фишман
1 авг., 12:53
Будет ли кто-то на ECCB в Швейцарии в сентябре? Мы не сможем приехать, хотели бы попросить повесить наш постер.2,200Открыть в TelegramВениамин Фишман
30 июл., 18:53изменён
Написал агента, который разбирает мои онлайн-семинары.Скрипт каждые 15 минут проверяет мой календарь -> Если есть событие, ищет пересекающуются по времени зум-встречу -> Забирает аудио и трансрипт от зума -> Расшифровывает звук при помощи Whisper-large -> Отправляет в ChatGPT расшифровку и транскрипт зума -> Промпт: - поправить опечатки, - сверить с контекстом проекта и прошлыми встречами, - сформулировать задачи для каждого участника -> Забирает готовый список задач из GPT -> Отправляет их команде в чат ТГ.Все артефакты сохраняются на гугл-диске.Пока работает чуть криво, нужно донастроить промпты. Но в целом работает.
